Keratitis Epitel
Epitel kornea terlibat pada sebagian besar tipe konjungtivitis dan keratitis. Pada kasus-kasus yang jarang, mungkin hanya jaringan yang terlibat (pada keratitis pungtata superfisial). Perubahan epitel bervariasi dari edema dan vakuolisasi hingga erosi, pembentukan filamen, keratinisasi parsial, dan lain-lain. Lesi juga bervariasi berdasarkan lokasi di kornea dan penting untuk diagnostik. Pemeriksaan biomikroskopik dengan atau tanpa pewarnaan flouresein merupakan bagian dari setiap pemeriksaan mata luar.
Keratitis Subepitel
Terdapat banyak tipe dari lesi subepitel diskret. Lesi tersebut sering merupakan lesi sekunder dari keratitis epitel (contohnya infiltrat subepitel pada keratokonjungtivitis epidemik yang disebabkan oleh adenovirus 8 dan 19).
Keratitis Stroma
Respons stroma terhadap kelainan kornea mencakup infiltrasi yang digambarkan dengan adanya akumulasi sel-sel inflamasi, edema yang ditandai dengan penebalan kornea, opasifikasi, atau pembentukan jaringan parut, penipisan atau pencairan yang dapat menyebabkan perforasi, serta vaskularisasi. Pola respons tersebut kurang spesifik dibandingkan dengan keratitis epitel dan seorang dokter sering kali harus menggunakan informasi klinis lain dan pemeriksaan laboratorium untuk identifikasi penyebab.
Keratitis Endotel
Disfungsi endotel kornea menyebabkan edema kornea, pada awalnya melibatkan stroma dan kemudian epitel. Hal ini berlawanan dengan edema kornea karena peningkatan tekanan intraokular, yaitu epitel dipengaruhi sebelum stroma. Selama kornea tidak terlalu edematosa, sering dapat melihat abnormalitas morfologi endotel kornea dengan slitlamp. Adanya sel-sel inflamasi pada endotel tidak selalu mengindikasikan penyakit endotel karena hal tersebut juga merupakan manifestasi uveitis anterior yang dapat atau tidak disertai keratitis stroma.